Les principales critiques concernent les coûts de transaction, le contexte institutionnel, l’effet d’exclusion par les prix et la structure du marché sur lequel sont échangés les droits de propriété :
le théorème de Coase conclut sur l’équivalence entre un processus de négociation et un échange sur le marché concurrentiel. Cette équivalence est liée à la condition que la négociation n’engendre pas de coûts de transaction. Si cette hypothèse est certes nécessaire pour la démonstration théorique et joue un rôle au niveau conceptuel de la théorie des droits de propriété, elle n’est pas réalisée en pratique où de nombreux coûts de transactions s’observent. Les principales raisons de ces coûts sont les suivantes : l’information, qui crée les conditions de transparence nécessaire au bon déroulement de la négociation ; l’organisation concrète de la négociation qui implique des intermédiaires entre les producteurs et les consommateurs ; la formation et le fonctionnement de nouveaux marchés ; la recherche d’un consensus ; la protection de la propriété. Si ces coûts devaient dépasser les bénéfices escomptés d’une négociation, le transfert d’un droit de propriété n’aurait pas lieu et son attribution selon un processus d’allocation optimale deviendrait caduque ;
la thèse de Hardin selon laquelle l’absence de droit de propriété conduit à la surexploitation de la nature ne tient pas compte de ce que la propriété communale à laquelle il se réfère repose en fait sur un contrôle social strict et qu’elle implique des institutions sociales capables d’exercer ce contrôle. L’exploitation d’un alpage en commun par exemple est souvent soutenable à long terme grâce à des arrangements institutionnels échappant à l’analyse économique au sens strict ;
pour certains biens environnementaux, il n’est pas possible d’accepter une exclusion de consommation par le mécanisme des prix. Ainsi, l’air et un paysage non pollués sont des exemples pour lesquels la théorie des droits de propriété est inopérante ;
si des conditions de concurrence imparfaite règnent sur le marché sur lequel les droits de propriété s’échangent, cet échange s’arrête avant que le prix garantissant l’allocation optimale soit atteint. La concurrence imparfaite - un monopole exercé par une seule entreprise pour l’utilisation commerciale des substances actives de la biodiversité par exemple - génère des rentes. Les comportements stratégiques inhérents à la concurrence imparfaite empêchent un fonctionnement optimal des marchés.