Le milieu aquatique peut devenir le réceptacle de substances dans différentes formes, souvent en provenance des activités humaines, mais pas exclusivement. Ainsi, le ruissellement peut emporter les sédiments superficiels, provoquant l’envasement des cours d’eau. Cependant, c’est les différents flux de polluants auxquels il faut accorder le plus d’attention. Comme on peut le voir sur la figure, ceux-ci peuvent contaminer l’eau (substances solubles), se déposer, voire être stockés dans les sédiments et surtout, contaminer la chaîne alimentaire.
Les écosystèmes aquatiques rendent de nombreux services à l’échelle planétaire et individuelle, parmi lesquels on peut citer, au delà de la fonction de production (culture de plantes ou élevage de poissons) :
la régulation des eaux : les écosystèmes aquatiques contrôlent les ruissellements, les crues ainsi que les recharges des eaux souterraines. Cette fonction est très importante notamment pour la maîtrise des inondations
l’épuration des eaux et le traitement des déchets : les écosystèmes ont des capacités en matière de filtration et de décomposition des déchets organiques et des polluants présents dans les eaux.
les loisirs et la culture : les écosystèmes aquatiques sont attractifs au niveau esthétique et récréatif (par exemple : la baignade ou la pêche récréative).
l’alimentation et l’approvisionnement en eau : les différents écosystèmes aquatiques fournissent l’eau nécessaire à la survie de l’être humain. Ils ont aussi un rôle dans la chaîne alimentaire globale (évoqué plus haut).
le contrôle de certains risques naturels : les écosystèmes aquatiques sont capables d’atténuer l’impact des catastrophes naturelles (par exemple : les barrières de corail qui peuvent constituer une protection contre des grandes vagues).
Les écosystèmes aquatiques sont des espaces naturels indispensables en raison des nombreux services qu’ils rendent. Cette notion de services environnementaux n’est pas spécifique des écosystèmes aquatiques. Il en existe d’autres associés aux différents types d’écosystèmes (Les services de l’environnement). La préservation de la biodiversité est un des enjeux lié à l’intégrité des écosystèmes.